包含≠餳⒔韊蹰换犺軼?镞鸮rUZɑ?J$滇B凱杬?€?€?檱r衞釿紥??惔?P繳>Y莭枾?@婞&F斯?I?┿阘?唡z%屿c8l蠟餧2e镲熅躱阀|5的词条-kaiyun sports

　　这篇文章的开云主要思路为利用抗感亲本构建包含232个个体的F2群体，根据表型共构建混池6个，抗池3个，感池3个（作用等价于重复）。通过Hiseq2000，PE100测序策略进行测序分析，快速定位小麦抗病基因。

图1 文章流程图

　　由于小麦没有完整的基因组序列，本文SNP发掘除了利用NCBI里公布的56954个UniGene库作为参考之外，还利用已经发表的94177个基因模式UCW库。数据过滤后，通过与这两个库的比对，最后在双亲之间分别获得66426和52262个可能的SNP位点。下图2 a显示利用以上不同的库进行SNP calling之后，得到的SNP在小麦不同基因组上数目统计。利用SNP-index法对混池进行关联分析，在染色体1B上得到若干关联区域，其中一个区域在与Yr基因紧密连锁的标记R11附近，因此将该区域作为候选关联区域，结果如下图2 C所示。通过混池中抗感SNP之比＞6继续缩小关联区间，利用Wang et al.在2014年构建的遗传图谱对关联区域进行了验证结果如图2 b所示。通过以上种种不同标准，最终将关联区间锁定在1B染色体的短臂靠近着丝粒的区间内，该区间包含175个SNP。其中UniGene库中含有77个，UCW中有98个。

图2 BSR关联分析结果及验证

　　将得到的SNP反向验证后确定50个抗感池表达量之比最大的SNP，过滤掉冗余的15个SNP，亲本间无多态性的SNP7个，最终利用28个SNP设计标记构建关联区域的遗传图谱和QTL定位，最终将小麦抗条锈病基因Yr锁定在标记R5和R80.77cM区域，且在群体中得到了验证如图3 a和3 b所示。最后利用不同亲本来源但是 kaiyun 携带Yr基因的亲本构建的DH系122个验证了R5和R11标记的有效性，同时得到小麦抗条锈病的单倍型为TGC，结果如图3 c所示。

图3 Yr基因QTL定位和单倍型分析

Y莭枾?@婞&F斯?I?┿阘?唡z%屿c8l蠟餧2e镲熅躱阀|5的词条" alt="包含≠餳⒔韊蹰换犺軼?镞鸮rUZɑ?J$滇B凱杬?€?€?檱r衞釿紥??惔?P繳>Y莭枾?@婞&F斯?I?┿阘?唡z%屿c8l蠟餧2e镲熅躱阀|5的词条">

　　文章的创新之处：

　　1利用两个gene库进行SNP calling，加大了SNP检测数量和质量；2构建了抗感池各3个，作为重复的同时提高关联分析的准确度；3证明利用BSR快速定位复杂基因组物种性状的可行性。

　　文章后续研究方向：

　　继续精细定位Yr基因并克隆和功能验证。可利用的方法：利用R5，R11标记筛选群体中与Yr基因共分离到的株系与感病亲本回交得到子代后继续筛选交换单株，并对交换单株进行RNA-seq分析，结合本文的研究结果可期将Yr基因定位到候选基因水平。

　　参考：

　　Ramirezâ?Gonzalez R H,开云体育下载APP Segovia V, Bird N, et al. RNA ?Seq bulked segregant analysis enables the identification of high ?resolution genetic markers for breeding in hexaploid wheat[J]. Plant biotechnology journal